Beh, direi che la risposta di trentino non fa una piega!
In effetti deve essere andata proprio così: i nostri antenati produttori di caffè e cacao, dopo aver "giocato" con le varie combinazioni di tempo-temperatura, hanno trovato quelle più adatte ai fini dell'ottenimento di un prodotto "gustoso".
Io ho solo dato una spiegazione più tecnica alla tua domanda (anche se, forse, troppo sintetica).
La Reazione di Maillard provocata dalle alte temperature produce i composti aromatici responsabili dell'odore e del colore tipici del caffè e del cacao tostati (per l’appunto, le caratteristiche organolettiche di cui parla trentino… il retrogusto amaro e di “leggermente abbrustolito”).
A parità di temperatura, l’alimento che contiene più zuccheri brucia di più, ovvero produce quantità maggiori dei composti aromatici di cui sopra.
Da qui la mia ipotesi sulla motivazione delle diverse temperature di trattamento: forse il cacao contiene più zuccheri del caffè; pertanto, se trattato a temperature troppo elevate, produrrebbe composti responsabili di odore e sapore addirittura sgradevoli. Meglio abbassare la fiamma. :)