Ciao Agnese,
se riporti gli ingredienti, sono dell'idea tu debba farlo anche con indicazione degli allergeni, come richiesto dalla Legislazione vigente.
Se confezioni prima (i.e. prodotto preconfezionato), ritengo tu debba riportarli sulla confezione; mentre se incarti sul momento (i.e. prodotto preincartato), dovresti assicurare che il consumatore possa reperire tali informazioni (ad esempio con un cartello unico, mediante avvertimenti da parte di commessi istruiti, etc.)
Sul fatto che non fossero indicati sul precedente Manuale, probabilmente perchè all'epoca non era ancora entrato in vigore il Reg. (UE) n°1169/2011.