Wow che bel quesito! A me verrebbe da pensare subito ai lieviti e ai clostridi però mettendo anche il sorbato di potassio dovresti evitare questo tipo di alterazioni.
Quindi io sono d'accordo con baldassini e rivedrei il processo di pastorizzazione (a che temperatura? per quanto tempo?) ma anche quello di confezionamento (fai il riempimento a caldo?).
Per quanto riguarda gli additivi sono addizionati in quantità sufficienti?
Se vuoi potresti fare anche un'analisi microbiologica sul succo concentrato per fugare ogni tuo dubbio; ma se fosse quella la causa vorrebbe dire che il succo di papaya è molto molto contaminato già di partenza e forse te ne dovresti accorgere prima di miscelarlo agli altri ingredienti e a pastorizzarlo.
Spero di esserti stata utile